有不少科学研究发现，喝咖啡对身体有不同的益处，包括减低罹患结直肠癌、乳癌、肝癌等病的机率；亦有研究发现，癌症患者经常喝咖啡，可显着降低肿瘤复发及提高存活率。不过亦有学者提醒，要深入研究才能确定多少咖啡因摄取量有益，建议患者谘询医生。
减低罹结直肠癌风险
美国南加州大学诺里斯综合癌症中心报告的一项研究，以中东以色列北部人口为基础，调查5145例结直肠癌患者、和4097例无结直肠癌病史的健康人士，平日喝咖啡习惯。
结果发现，中等（一天1到2份）咖啡消耗量能降低26%的罹患结直肠癌的风险。研究者指，咖啡因和多酚有抗氧化作用，类黑精能够促进结肠蠕动，二萜类物质可以抵抗氧化应激损伤。
癌症复发机率降低
美国麻省丹娜-法伯癌症研究所的报告指，经常喝咖啡可显着降低肿瘤复发和提高结肠癌3期患者的存活率。研究访问953名接受化疗的结直肠癌患者半年内的膳食模式，他们发现，每天喝4杯或更多咖啡的患者（咖啡因含量约460毫克），比不喝咖啡的患者癌症复发的机率要低42%。
那些定期喝4杯或更多咖啡的患者，死于癌症或其他原因的机率，比不喝咖啡的患者低33%，研究人员相信是咖啡因引起的影响。研究人员指，本身有喝咖啡人士如患结直肠癌，不妨继续饮用，但本身没饮用的患者最好先征询医生意见。
预防肝癌
意大利米兰大学临床科学与公共卫生部、米兰马里奥内格里药理研究所则指，摄入任何种类的咖啡可能使肝细胞癌（HCC）风险降低达50%，降低幅度取决于摄入量。研究者表示，这现象可能与咖啡能够预防糖尿病有关，而糖尿病则是导致肝癌的因素之一；还有另一种可能是咖啡能预防肝硬化。
皮肤癌、口腔咽喉癌、乳癌风险降
美国国家癌症研究所研究指，每天喝超过4杯咖啡，可以在10年里降低20%的皮肤癌风险。受试者有44.7万人，年龄为50至71岁，研究开始时均未患有癌症。排除年龄、饮食、家族史等因素，每天超过4杯咖啡，可以在10年里降低20%的皮肤癌风险。而日本及德国亦分别有研究发现口腔咽喉癌、乳癌风险亦因摄取一定分量的咖啡因而降低。
