清同治年间，浙江余杭有一个名叫杨乃武的书生，他自幼聪敏过人，20余岁就考中秀才，33岁就高中举人。如果不是因为身陷晚清奇案，以杨乃武的才学和见识，肯定也会有一番作为。然而，晚清时期的官场充满了黑暗，导致杨乃武身陷奇冤，他与小白菜受尽冤屈。虽然最后他洗脱了冤屈，可是也被牢狱之灾磨平了锐气，错过了人生中的大好年华。
道光二十一年，杨乃武出生在浙江余杭镇的澄清巷，他的家族世代以种桑养蚕为生，家境殷实，在当地有不小的名气。小时候的杨乃武聪明伶俐，勤学好问，小小年纪就写得一手精妙文章，后来又成功考中秀才，成为当地有名的读书人。他生性正直，爱打抱不平，曾在当地县衙影壁上题写“大清双王法，浙江两抚台”一联，暗讽余杭知县刘锡彤贪赃枉法，两人由此结怨。
刘锡彤对杨乃武十分痛恨，可是因杨乃武有功名在身，刘锡彤也不敢公开得罪。后来到了同治十二年，杨乃武高中癸酉科举人，这原本是件值得高兴的事情，可是却因为一个莫名其妙地诬告，导致杨乃武身陷囹圄。而刘锡彤身为知县，非但没能秉公执法，反而屈打成招，将杨乃武判了个秋后问斩。
事情的起因是这样的。杨乃武所在的余杭县，有一位名叫毕秀姑的女子，生得容貌秀丽，爱穿一身白衣绿裤，所以人称"小白菜"。毕秀姑17岁的时候，嫁给了豆腐店帮工葛品连为妻，第二年夫妻二人和葛母一块租住在杨乃武家。这原本是最常见的租客关系，结果却因为葛家母子心胸狭隘闹出矛盾。
葛品连性格比较暴躁，多疑善妒，而毕秀姑的性格却落落大方，两人从性格上来说确实并不般配。后来租住在杨家后，杨乃武丧偶鳏居，葛品连就怀疑妻子与杨乃武有染，经常借故打骂妻子。杨乃武不知如何辩解，只好借口租金入不敷出，不再将房子租与葛家，以表明自己的清白。
葛家搬走之后，杨乃武照旧过着深居简出的生活，每日埋首读书不问窗外闲事。然而，没过多久之后，杨家突然闯进来一帮如狼似虎的衙役，不问缘由就把杨乃武给抓走了。杨家人十分惊慌，连忙托关系去县衙打听，一打听之下全家人都惊呆了，县衙里的人说杨乃武牵扯进一桩人命关系，多半是保不住了。
原来，这个葛品连搬走没多久，有一日就突然暴毙了。葛母据此认为，一定是杨乃武和毕秀姑合谋害死的儿子，于是一纸诉状将杨乃武告上了县衙。余杭县令刘锡彤原本就与杨乃武有仇，于是就借题发挥直接命人将杨乃武和毕秀姑打入死牢。之后刘锡彤召集仵作验尸也不过是走个过场，并没有仔细查验葛品连的尸体，就断定他是中毒身亡。
杨乃武被判秋后问斩，可葛品连之死根本与他无关，于是他只能拼命叫屈，可是县令刘锡彤却认为他是狡辩。好在杨家在当地也多少有些势力，杨乃武被抓进大牢后，他姐姐就带着诉状进京告起了御状。结果进了京城之后，却被各部衙门互相推诿，都不愿意接这个案子。后来还是《申报》的记者得知后，同情杨乃武的遭遇，将此事发表出来才引起了朝廷的重视。
因为此事反响甚大，各部衙门也不敢轻视，于是连夜让人将杨乃武与毕秀姑押送进京，连带着葛品连的棺材也被送进了京城。
发生在140多年前的这桩奇案在当时引起了巨大轰动，导致杨乃武与小白菜受尽了冤屈，一个法国记者拍下了二人受审的画面，罕见露出了他们的真容。此前杨乃武一案之所以迟迟得不到昭雪，是因为京城的各部衙门互相推诿。如今连慈禧太后都盯着此事，各部大员也就不敢马虎，只用了几天就查明了缘由。
首先是通过京城刑部的仵作对葛品连的尸身进行检验，发现他并非中毒身亡，而是突发疾病暴毙。之后又查明了杨乃武那几日并不在余杭县城，而是去了妻子娘家做客。余杭县令刘锡彤勾结药店老板（已去世）诬陷杨乃武买过砒霜，并将杨乃武与小白菜屈打成招，而仵作沈祥也并未严格检验葛品连尸身。
当这件事的来龙去脉被查明后，慈禧太后都感到十分震怒，下旨对一干人等严加查办。杨乃武与小白菜无罪释放，余杭县令刘锡彤发配黑龙江，县衙的其他30余人皆被革职查办。最惨的是浙江巡抚杨昌浚和浙江学政胡瑞澜以及杭州知府陈鲁等100余名官员，他们因为在此案中的不作为，最后全都被革除顶戴花翎，而且永不续用。
