清朝顺治十八年（1661年）三月，南明的“延平王”郑成功亲率2.5万名兵将，分乘百艘战船越过台湾海峡，从荷兰侵略者手里收复了沦陷38年的中国领土台湾岛。
这场战争，结束了荷兰东印度公司在中国台湾的殖民经营，明郑政权开始对台湾实行统治，并与大陆上的满清王朝分庭抗礼。
这期间，康熙帝多次招抚不成，朝廷对台湾的重要地位也没有特别清醒的认识。一些官员甚至鼓吹台湾乃“弹丸之地，得之无所加，不得无所损”。令康熙帝也没了主意。
康熙二十年（1681年）郑经突然病故，他的儿子郑克塽继任王位，台湾内部发生内讧，局势混乱起来。
这不久，康熙帝成功完成平定“三藩之乱”内地局面稳定、政权得到巩固。在对待残明势力盘踞的台湾问题上，康熙帝的态度开始强硬，决心以武力解决台湾问题。
在亲信大臣李光第等人的大力推荐下，已经被置于京城闲赋13年的施琅，再次被康熙帝启用，任为福建水师提督，并加太子少保衔，命其与福建总督姚启圣一起，武力进取澎湖、台湾，实现国家四海归一。
施琅是福建泉州府晋江人，早年是南明郑芝龙的部将，因与郑家的宿怨两度降清。后被任命为清军同安副将、同安总兵，福建水师提督，一直积极主张剿灭明郑，收复台湾。
但施琅的主张，受到以鳌拜为首的朝廷权臣势力攻击，他们以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把施琅的建议搁置一边不理。
康熙八年（1668年），施琅还被从福建调进京城，任为内大臣闲职。
但在此期间，施琅复台报仇的决心并没有动摇，他密切关注福建沿海的情况，悉心研究海战计策，“日夜磨心熟筹”，等待被皇帝起用的一天。
康熙二十年，施琅十三的盼望如愿以偿，他升任福建水师提督后，立即开始整饬水军部队，研究战法、培养骨干，而且事必亲恭，只用了几个月时间，就让一度杂乱无章的福建水师达到临战的船坚兵精状态。
康康熙二十二年6月14日(1683年7月8日)，施琅依据天气和海况预报，奉旨率领水兵2万余人，大型战船300余艘，中小战船230余艘，从福建铜山海域鸣炮起程，破浪杀向台湾的战略前哨澎湖列岛。
施琅决定，水师船队乘6月西南季风，向东穿越台湾海峡，首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛，进而获得船队的锚泊地和再进攻出发地，占据上风上流的有利位置向澎湖发起攻击。攻下澎湖，扼敌咽喉，然后兵锋直指台湾本岛。
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6月16日，清军水师向澎湖郑军发起第一次进攻，但初战失利。
施琅及时吸取教训，对下一步作战行动进行了重新部署。
他将水师分为四部分：
自己亲率56只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫；
派总兵陈蟒等率领由50只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫；
派总兵董义等统率另50只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军；
其余80只战船作为预备队，随主攻部队跟进。
6月18日，施琅派出的战船攻取了澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。
22日早晨，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。他们按施琅部署，使用“五点梅花阵”，用多艘战船围攻郑军一艘，集中火力聚歼。
海面上“炮火矢石交攻，犹如雨点，烟焰蔽天，咫尺莫辨”。
经过9小时激战，清军共毙伤郑军官兵1.2万人，俘获5000余人。击毁、缴获郑军战船190余艘，杀死敌军将领、头目300余名。
郑军主将刘国轩眼见大事不好，慌忙乘小船从北面的吼门逃往台湾。
此役清军阵亡329人，负伤1800余人。船只基本无损，取得全胜。
施琅一战定澎湖，歼灭了台湾郑军精锐部队，令台湾岛的门户洞开。
此时，兵临岛前的施琅水师，已经成了不战而屈人之兵。
台湾郑氏政权知道败局已定，岛内人心大震。
此后，施琅按照康熙帝旨意，一面加紧军事恐吓，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在巨大的军事压力下，郑克塽听从了从澎湖逃回来的败将刘国轩劝告，决定投降。
康熙二十二年8月13日，施琅率领水师登上台湾岛。
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施琅入台之后，主动前去祭祀郑成功庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了肯定，并称郑氏收复台湾是为国为民尽职的举动，自己对郑成功毫无怨仇。
施琅平定台湾的消息传到京城，正是中秋普天团圆之日。
得知台湾的反清复明势力被肃清，康熙皇帝喜出望外，对施琅的功绩大加褒赏，封他为“靖海侯”，世袭罔替。
同时，康熙排除异议，决定在台湾设府县隶属于福建省管理，屯兵戍守。
令施琅统领福建水师，镇守中国东南沿海的大门。
施琅驻守台湾，尽职尽责，于1697年逝于任上。
