当然是上海交通大学。
上海市最好的大学，大家争议比较大就是复旦大学和上海交通大学到底谁是第一，我个人认为最好大学非上海交通大学莫属。分析如下：
首先看下我国高校前十强（四大版本）排行榜
武书连版、ESI版，上海交通大学排名在先，
校友会版，网大版，复旦大学排名在先。
可见两所高校不分伯仲！
据软科2018最新世界一流学科排行榜
上海交通大学，船舶与海洋工程学科位列世界第一（复旦大学无），位居世界前10的学科数6个（复旦大学1个），位居世界前50的学科数23个（复旦大学12个），总上榜学科数38个（复旦大学31个）。
世界学科数最能反映高校实力，因此，上海市最好大学非上海交通大学莫属！
真正的中国内地高校第三名究竟是哪所？ 上海交通大学？浙江大学？复旦大学？南京大学？中国科学技术大学？
没有什么“真正的第三名”，若有，何至于各高校打得不可开交？既然能打得起来，就自然是每校都有别人无以能及的长处，但同时也都有够不上“真正第三”的致命缺陷。
正如目前各国综合实力，第一美国。第二？日本？中国？欧盟？俄罗斯？各有长处，谁也不可能说服得了谁。
以下列举各校一些致命缺陷，足以使任何一校没脸自称“真正第三名”：
交大：国内国外十多个排行榜，没有任何一个排行榜将交大排为第三，自然也就没了事实依据。尤其是被浙大挡在前面。另外，培养院士问题也是致命缺陷。交大也是5校中除科大外学科面相对最窄的，“文理两条腿”中的文史类很弱。
浙大：实在过于庞大，水平较差学科过多，像半桶珍珠混着半桶沙。另外，SCI很能灌，但是顶尖期刊SNC的成绩实在没法见人。
复旦：科技奖励最重要的国家三大奖的成绩一直很拿不出手。
南大：高考招生分数实在惨不忍睹，已经被甩到第4集团（第1集团：清北；第2集团：复交；第3集团：浙大科大人大，北航偶尔都能凑上来；第4集团：南大、北师、南开等等）。生源水平连前七都排不进的大学，自然排不了“真正第三”。另外，由于地理原因就业与交浙复相比劣势明显，当然比科大强，但是进科大的人都是奔着出国去的。
科大：学科面过小过窄，仅限理科和少量工科，其余比如医学、经管以及整个文史大类全部等于零。另外由于以基础学科为主，虽出国比例高，但也高不过一半，而剩下人的出路则很困难。
因此，谁也没有真正实力宣称自己就是“第3”，但是比之全国除清北外其它学校都绰绰有余。所以以上5校并称“华东五校”，与人大一起共同构成中国大学的第二集团。
中国有哪几所交通大学
中国有北京交通大学、上海交通大学、西南交通大学、西安交通大学、华东交通大学、大连交通大学、重庆交通大学、兰州交通大学、山东交通学院等大学。
1、北京交通大学
北京交通大学是中华人民共和国教育部直属，由教育部、北京市、中国铁路总公司共建的高校，位列“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“世界一流学科建设高校”。
曾入选“高等学校创新能力提升计划”、“高等学校学科创新引智计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目“、“新工科研究与实践项目”、”中国政府奖学金来华留学生接收院校”，是北京高科大学联盟、中俄交通大学联盟成员高校。
北京交通大学在2018年“软科世界一流学科排名”当中交通运输工程学科位列全球54个学科“冠军”高校之一。北京交通大学在历史上也创造了很多个第一，学校曾培养出中国第一个无线电台创始人刘瀚、中国第一台大马力蒸汽机设计者应尚才、中国第一本铁路专著作者金士宣等等。
2、上海交通大学
上海交通大学（Shanghai Jiao Tong University），简称“上海交大”，位于上海市，是由中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，是中国历史最悠久、享誉海内外的著名高等学府之一，位列“985工程”、“211工程”、“世界一流大学建设高校”。
入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越医生教育培养计划”、“卓越法律人才教育培养计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“卓越农林人才教育培养计划”，为九校联盟、中国大学校长联谊会、Universitas 21、21世纪学术联盟的重要成员。
3、西安交通大学
西安交通大学（Xi’an Jiaotong University）简称“西安交大”，位于古都西安，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的综合性研究型全国重点大学，由教育部与国家国防科技工业局共建。
曾入选国家“七五”、“八五”首批重点建设高校、“211工程”首批重点建设的七所高校、“985工程”首批重点建设的九所高校、世界一流大学建设高校A类，中国九校联盟、入选首批卓越工程师教育培养计划，是2011计划、高端制造装备协同创新中心牵头高校，新丝绸之路大学联盟发起高校。
西安交通大学为中国最早兴办的高等学府之一，肇始于1896年创建于上海的南洋公学，1921年改称交通大学，1956年国务院决定交通大学内迁西安，为交通大学西安部分，1959年定名西安交通大学。
4、西南交通大学
西南交通大学是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，入选211工程、985工程优势学科创新平台、世界一流学科建设高校、高等学校创新能力提升计划、高等学校学科创新引智等计划，是中欧精英大学联盟成员、援藏计划培养单位。
学校肇始于1896年的山海关北洋铁路官学堂，此后屡迁校址，数度更名，而以唐山交通大学扬名海内外，素有“东方康奈尔”之美誉。1952年经院系调整，更名唐山铁道学院，专事轨道交通人才培养。1964年学校内迁峨眉，1972年定名西南交通大学。2000年划归中华人民共和国教育部管理。
5、华东交通大学
华东交通大学（East China Jiaotong University），位于江西省会南昌，是一所以工为主，经、管、文、理、法、教育、艺术等多学科协调发展，以交通为特色、轨道为核心的教学研究型大学，江西省属重点大学，是中国铁路总公司、国家铁路局与江西省人民政府共建高校。
曾入选教育部卓越工程师教育培养计划、中西部高校基础能力建设工程，被评为全国毕业生就业典型经验高校、全国深化创新创业教育改革示范高校，是国家招收和选拔培养后备军官签约高校、国家级知识产权培训基地、中俄交通大学联盟、中国—东盟轨道交通教育培训联盟成员。
1971年，国家决定将上海交通大学机车车辆系以及同济大学铁道工程专业并入上海铁道学院，更名为华东交通大学，迁往江西；1978年，中央同意原上海铁道学院不再搬迁，华东交通大学继续在南昌建校，由原铁道部和江西省双重领导；2000年，学校转制为“中央与地方共建，以地方管理为主”。
参考资料来源：百度百科-上海交通大学
参考资料来源：百度百科-西安交通大学
参考资料来源：百度百科-西南交通大学
参考资料来源：百度百科-北京交通大学
参考资料来源：百度百科-华东交通大学
