很多人都会好奇一个问题，载重量有限的飞机可谓「寸土寸金」，连旅客的行李重量、大小都有严格的限定，怎么可能带着毫无用处的排泄物飞过全程呢？那乘客在在飞机上如厕时时产生的排泄物都到哪里去了。
在飞机刚诞生的时候，飞机的马桶直接是露天的，飞机上的所谓厕所就只是把漏斗接上管子， 直通飞机外部。这也就意味着，人在如厕的时候，还可以顺便回头欣赏万米高空的美景，甚至还可以在地球人头上投翔。
比如，英国皇家空军的 Supermarin Strangeraer 型号的飞机就有这样的操作。在二次大战期间， 漏斗换成了桶子， 由一位倒霉的机员负责在航程中把桶子倒干净， 将盛满小便的瓶子直接从非增压窗口扔出去。
后来，科学家在飞机上采用了化学马桶，和家里马桶采用的虹吸式不同，飞机上的化学马桶采用的是积极动力疏散系统。化学马桶用蓝色的除臭化粪剂，把乘客们产生的排泄物化解后，再冲入飞机底部的废水槽。
不过这种化学马桶还是存在明显的缺陷。以飞机来说，每次飞行都不得不装上数百加仑的除臭化粪剂， 这必然增加油耗且减少可搭载旅客的数量。此外，这种除臭化粪剂基本化学成分为甲醛和漂白粉，会严重的刺激眼睛和皮肤。
还有一个很严重的问题就是这种化学马桶因为设计问题和操作失误，化学马桶的废水槽经常关得不够严实，粪水会泄漏出来，偶尔还会流到机身外，粪便和蓝色液体混在一起，形成一个个冰冷的球状物附在飞机表面。当飞机降落时，球状物会被部分解冻，脱离机身直落地面。
如果跌落时高度足够，这些冻结的人体排泄物会造成惊人的破坏性。1979至2003年间， 仅美国就有27例这样的“蓝色冰块” 从天而降， 巨大的冲击力足以穿透屋顶、撞碎汽车。尽管这是一次远距离投射， 但是坠落的冰冻粪便绝对有可能击碎某个无辜者的头骨。
直到如今，英国还在采用这种化学马桶，最近，英国就有一位幸（倒）运（霉）儿（蛋）被从天而降的人类排泄物，淋了一身，黏黏的，偏黑的棕黄色，散发着令人作呕但又熟悉的恶臭的大雨，伴随着飞机的轰鸣声把他本人、整座花园，和所有的花园遮阳伞全部浇了一遍。
英国民航局估计，每年在英国领空上空的250万次航班中，会出现大约25次“蓝冰”坠落现象。
当然，现如今和英国一样，采用化学马桶的航空公司还是非常少了，因为在1975年，科学家发明了真空马桶，真空马桶的工作原理是：利用客舱内和污水箱及输送管路之间存在的压差，将乘员如厕排泄物及冲洗马桶后的污水通过输送管路输送到污水箱中。
当乘员用厕完毕后，按动冲洗按钮冲洗及排放马桶，冲洗控制器即将信号反馈给系统控制器，系统控制器指令冲洗控制器打开马桶冲洗阀，从增压水箱来的清水经过座盆内喷淋环上的几个喷头对马桶进行冲洗，冲洗持续一段时间之后，冲洗控制器打开马桶排放阀，乘员如厕排泄物及冲洗马桶之后的污水在压差作用下经由输送管路输送至污水箱中，排放阀 打开一段时间之后，系统控制器指令冲洗控制器同时关闭冲洗阀和排放阀:.整个马桶冲洗及排放过程持续时间约为10s。
然后，排泄物在整个飞行中一直留在存储罐里，再由地面工作人员清空。存储罐外面的锁，可以确保飞行员不会意外在半空中将里面的东西扔下去。排空之后，还需要用水和消毒液给飞机“灌肠”——把那些便便缸冲一遍。
以A320飞机为例子，在地面或者飞在设定高度（4877M）以下时，通过真空马达将在废水箱中制造出负压力，此负压力通过管路传递到厕所马桶盆，把污物吸到废水箱里面，图中蓝色路径就是真空马达产生负压，将水箱内空气抽出机外的路径图。
而当飞行高度超过设定高度时，真空马达就不会工作，此时的负压路径由红色线路提供。因为，当飞行高度较高时，机外空气密度小，气压低，就可依靠机身内外压差使管路产生负压力，将马桶盆的污物吸到废水箱。
采用了真空马桶的飞机，就不存在排泄物泄漏的问题了，不过，由于人坐在马桶上并非“无缝衔接”，真空厕所产生的吸力不至于让乘客无法起身。不过出于卫生和设备运转的角度考虑，乘客还是应该起身后再冲马桶。
