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蝙蝠在“储存病毒”方面很特别，因此很多病毒来自蝙蝠。近年来一些严重的病毒感染性疾病，包括SARS、MERS、Ebola、Marburg，以及最近出现的新冠肺炎（COVID-19），病毒的源头都指向“蝙蝠”。这其实并非是巧合，美国有专家研究指出，由于蝙蝠具有特殊抵御病毒的免疫系统，会对感染的病毒迅速产生反应，并使病毒脱离细胞，当病毒传播到缺乏快速抵御能力的哺乳动物（比如人类）体内时，就会对其造成致命的伤害。美国加州大学伯克利分校的Cara E Brook和Mike Boots等研究团队，在eLife杂志上发表了一篇标题为“Accelerated viral dynamics in bat cell lines， with implications for zoonotic emergence”的文章。内容指出，蝙蝠具有特殊的抵御病毒的免疫系统，会对感染的病毒迅速产生反应，并使病毒脱离细胞。蝙蝠对病毒强大的免疫反应反过来会促使病毒更快地复制，并增强病毒的传染性。这种特性使得蝙蝠成为储存高传播性病毒的宿主库，在进入具有不同于蝙蝠独特免疫系统的宿主后，会反应出更强大的毒力。当病毒传播到缺乏快速抵御能力的哺乳动物（比如人类）体内时，病毒就会对其造成致命的伤害。
蝙蝠具有特殊的抵御病毒的免疫系统。Brook表示，有部分的蝙蝠能够产生强大的抗病毒反应，并利用抗炎反应与之来平衡，而人类的免疫系统在对抗病毒时会产生炎症反应，蝙蝠的免疫系统可以巧妙地避免这种威胁。研究人员指出，若破坏蝙蝠的栖息地，会给他们带来压力，它们便会在唾液、尿液和粪便中释放出更多的病毒，将感染到更多的动物。
蝙蝠是唯一会飞行的哺乳动物，在飞行时它们会提高其代谢率，使自身可以达到体型相似的嚙齿动物奔跑时的两倍。为了能够飞行，蝙蝠似乎已经进化出一种生理机制，可以有效地清除任何产生炎症的有害分子，这也可能是蝙蝠长寿的原因，有些蝙蝠可以活40年，而同样体型的嚙齿动物可能就活2年。
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